Przesuwanie elementów w górę lub w dół, żeby dało się wykonać jakąś operację, to nie jest najlepszy sposób.
Po to w końcu robimy to z jakąś dokładnością i z jakimiś wymiarami, żeby to zostało zachowane (no chyba, że robimy coś "na oko")
Pierwsza i najważniejsza żecz -
Tolerancję się zwiększa! a nie zmniejsza (narzędzia -> opcje Jednostki -> Absolut tolerance)
ustaw tam sobie na 0,1 i działaj śmiało.
Inną kwestią jest to, że błąd powstaje jakby na twoje własne życzenie.
Pracując z Rhino (i nie tylko) należy unikać takich sytuacji, gdzie operacje booleanowskie dokonywane są na bryłach które mają wspólne powierzchnie.
U Ciebie "sklepienie" zagłębienia jest tą samą powierzchnią, co powierzchnia odcinająca - stąd ten problem.
No ale wiadomo, nie zawsze się da o wszystkim myśleć...
Zmień tolerancję i działaj
<po operacji przestaw ją na 0,001>