1) Używałeś może wcześniej takiego programu Sketchup?
2) Co do okien, to jeśli wycinałeś je za pomocą narysowanych kwadratów, które były naniesione na ścianę i nadal tam one są to po prostu zrób "Extrude", lub zaznacz krawędzie okna i je wyciągnij (Extrude)
Tak to ma wyglądać??
Nie wiem czy o to chodzi
nie wiem do czego zmierzasz, poza tym nie lepiej by było zrobić ściany które mają jakąś grubość? Gdyby ściana miała grubość to po wycięciu otworów na okna wyglądały by one jak trzeba.