Według mnie problem powstaje z kilku powodów.
1. Program wszystkie obliczenia robi w określonym przybliżeniu, to przybliżenie może być większe lub mniejsze.
Zmień tolerancję z tego co masz na 0,001 (zresztą została Ci jakaś dziwna - pewnie wcześniej miałeś jednostki w calach)
Tolerancję zmienia się w Opcjach/Document Properties/Units
2. Zrób fillety o takich promieniach i w takiej kolejności jak "chłopaki na Unigraphic" i powinno być ok.
3. Bardzo często zauważam, że ludzie robiąc fillety (nie mówię tylko o rhino) myślą, że każdy fillet da się zrobić każdym promieniem i w dowolnej kolejności. A kolejność i ich wielkość ma kolosalne znaczenie i wpływ na wygląd końcowy.
Plik który wrzuciłeś ma "ucho" z filletem który nie wyszedł za dobrze, i z tego nic się już nie da zrobić.